第 122 期 2005-10-26

會議報導
「中澳生物資訊研討會」Australia-Taiwan Bioinformatics Symposium 2005

「中澳生物資訊研討會」（Australia-Taiwan Bioinformatics Symposium 2005）為澳大利亞Australian Research Council (ARC) Centre in Bioinformatics (簡稱ACB)與我國生物資訊學者接洽舉辦的雙邊學術交流活動。今年會議安排了包括基因體學及基因組比較研究(Genomics and Genome Comparison )、生物資訊在功能基因體學之應用(Bioinformatics in Functional Genomics)、蛋白質體學 (Proteomics)、結構生物資訊學 (Structural Bioinformatics)、蛋白質交互作用 (Protein Interactions)等主題，由雙方學者發表演講，交換研究心得，並安排澳大利亞學者參訪國內生物資訊中心，希望藉由增進彼此在生物資訊領域研究的瞭解，激盪出共同的研究標的，發展出具體合作計畫。

今年中澳生物資訊研討會於 9月6日至 7日假國立清華大學生命科學院演講廳舉辦，共吸引 94 人參加，現場互動情形十分踴躍。

研討會首先由Dr. Mark Ragan 介紹利用 High-throughput bioinformatics 的方法，可自動化地將144種原核生物基因體進行比對分析，比對22437個family的422971種protein，製成演化樹，探討原核生物lateral gene transfer (LGT)的現象，並找到基因的donor和recipient，在選定基因體比對區域上的大量處理經驗，頗具參考價值。另外，黃明經教授介紹 GAINER分析工具，主要用來尋找protein motif，此對於蛋白質功能之研究相當實用；楊永正教授則介紹利用bioinformatics方式尋找致病基因的方法，例如在遺傳性脊髓小腦運動失調症Spinocerebellar Ataxia (SCA) 中發現trinucleotide repeats和疾病嚴重程度的關聯，因此可利用trinucleotide repeats來尋找可能存在的其他疾病基因。

Dr. Phoebe Chen 介紹如何在數量眾多的基因體資訊中有效率的進行資訊整合，藉由序列模組辨識(pattern recognition)和資料探勘的方法來分析基因體資訊。Dr. Chen成功的利用pattern recognition，將比對運算做次方的減少，使得genome data比對時間縮短，令人印象深刻。孫孝芳教授則介紹探討短重複序列LCRs(Low copy repeats)在Genome上的分布，尋找致病基因。孫教授利用掃瞄、搜尋基因體序列上的短重複序列LCRs，在人類染色體22q11上找到和DiGeorge/velocardiofacial syndromes有關的LCRs，並且發展出PCR的方法，可以準確地在短時間檢驗出這個遺傳疾病。接著呂平江教授介紹 Genome Profile DataBase 的應用，它可以協助研究人員快速了解 Genome Profile 的基本資訊，亦能進行 2D-gel 虛擬蛋白質電泳分析。 本院研究資源處張憶壽處長於此次研討會中介紹透過以 Bayes regression 的方法，來進行array-CGH 的 cDNA 微陣列資料的處理和分析，藉著提高訊號來獲得更適當的分析結果。

接著Dr. Pablo Moscato 帶來了以乳癌為例的說明，藉由生物資訊學分析異質性疾病的方式，建立由 Oncogene 到 Oncosystem 模式的介紹，引起與會人員的興趣。此外，蔣榮先教授說明了藉著自 network cluster 和 gene ontology 之分類，針對蛋白質間交互作用，建置了自動化功能性模組的搜尋方法。

研討會第二天議程，由 Dr. Martin Frith 為與會者介紹利用電腦探勘的方式來研究有趣的和非標準型的 transcripts，來瞭解它們在基因體裡扮演之角色，內容精采豐富且有趣。爾後，許聞廉教授說明利用 NMR 分析蛋白質結構之骨架分配時遇到的問題，並提出 RIBRA 和 GANA 的演算法來改進。會議最後，則由黃鎮剛教授發表了運用探討蛋白質的 entropy和hydrogen exchange的關係，發現local structural stability和structure conservation 是相關的，因此蛋白質的sequence structure entropy，可用來更進一步了解蛋白質序列與結構之間的關係。

在一天半的研討會中，澳洲與台灣雙方的學者均熱烈討論，並充分交流各自研究之心得。會後並安排澳洲與會者進行參訪活動，讓澳洲學者專家對台灣生物資訊領域的發展，有深入的認識，為雙方將來進一步的合作，奠定良好的基礎。
《文：汪詩海；圖：所有與會者合照，清華大學生命科學院提供》