第 181 期 2006-12-21

會議報導
第七屆國際系統生物學年會參後感

筆者於十月八日至十三日前往日本橫濱參加2006年國際系統生物學年會(International Conference on Systems Biology)，主要議題包括系統生物學理論與模型的建立、符號的定義與統一化，以及系統生物學在醫學方面的應用等。大會由日本SONY電子公司系統生物學研究所所長北野宏明博士(Dr. Hiroaki Kitano)策劃籌辦。此年會已舉辦七年，今年有近800人參與大會，北野博士殷切地拋出幾個重要課題，期望與會者集思廣益，尋求解決之道。

大會今年的重要議題，例如：(一)在物理學科中有量子力學，在分子生物學中有Central Dogma為理論基礎，那麼在系統生物學中最基本的理論有哪些？(二)如何正確定義，及如何實地量化系統生物學中經常使用的專業術語，例如 scale-free，robustness 等名詞。大會也邀請俄裔美籍學者Dr. Boris Kholodenko，Dr. Boris Kholodenko詳盡地以數學模式敘述酪氨酸受體激脢(receptor tyrosine kinase)經活化後，於細胞裡空間上與時間上之動力學模型。在Dr. Boris Kholodenko精彩演繹下，和酪氨酸受體激脢訊息傳遞相關的各種分子，例如scaffold protein，non-receptor tyrosine phosphatase 等均完整地被列入模型中。

哈佛大學的Marc Vidal從各種model system的interactome介紹起，比較系統生物學中dry-bench及wet-bench 所得資料的整合、network中hub的特質、及其與合作對象正在積極進行中的「Diseasome」的偉大願景。德籍學者Juergen Haas延續其於卡波西氏瘤病毒(KSHV) interactome network 的成果，一年來他們陸續比較另外四種皰疹病毒(EBV, VZV, mCMV, HSV)的viral interatome，發現這五個interactome缺少hub及sub-modules，猜測應是為減低network易損性(vulnerability)所致。至於系統生物學應用在醫學方面的主題則包括了心血管疾病、糖尿病、癌症、免疫系統學與藥物發展等。主要概念與工具則為network中的hub，vulnerability及computational modeling。

另外，值得一提的是在大會前一天所舉辦的多場tutorial，以及會後二天理化學研究所基因體中心(RIKEN GSC) 榊佳之所長(Yoshiyuki Sakak)協辦的研習會中介紹了多種現今在系統生物學常用的實驗工具。大部分的主講人都為十分年輕且多是這些toolbox的研發者，他們多數鼓勵參加者實地親手操作，令筆者感受到好像回到求學時代在學習做Southern blotting，製備CsCl banding-plasmid 般新鮮有趣。附圖即筆者在學習CellDesigner時所完成的一個草圖，以饗讀者。
《文/圖：臨床研究組林素芳；圖：Post-translational modification of KSHV encoded replication and transcription activator (KRTA)》