第 266 期 2008-08-28

研究發展
Unique Probe Selector（UPS）系統：為設計核酸探針及寡核苷酸陣列的全面性線上設計工具
The Unique probe selector: a comprehensive web service for probe design and oligonucleotide arrays

核酸雜交反應被廣泛應用於分子生物實驗上，包括大規模的DNA微陣列晶片實驗、檢驗核酸序列時的聚合酶連鎖反應（polymerase chain reaction , PCR），以及病源體偵測。核酸雜交反應中必須避免核酸序列非專一性黏合，Unique Probe Selector（UPS）系統可協助使用者設計高度專一性的核酸探針（probe），提高對目標序列的鑑別度與成功率。

方法與原理：

UPS是一個線上核酸探針設計工具，系統中涵蓋進行核酸雜交反應時所需考慮的熱力學原理、GC含量、核酸探針的二級結構、以及其他參數，並去除低複雜度區段以提高探針的專一性。UPS提供使用者客製化各項參數條件，更可使用特定物種之基因群做為參照資料，可設計單一序列探針，或同時設計大量探針用於微陣列晶片；電腦模擬運算後，提供計分系統便於使用者挑選具高度可信度的探針結果，經驗證，本系統所設計的探針與目標序列在雜交反應下具有高度專一性。使用者經由UPS簡單易懂的操作界面，只需輸入序列與設定參數，即可下載最佳的核酸探針序列，進行核酸雜交試驗。UPS是第一個可同時針對大量目標序列個別設計出專一性探針的工具，也可設計出在特定物種中也存在高度專一的探針，應用於病原菌偵測時，可減少與宿主基因序列形成非專一性雜交反應的結果。

此研究成果已發表於近期BMC Bioinformatics 期刊。
《文/圖：生統生資組林仲彥博士/熊昭組主任》