第 505 期 2013-05-29

研究發展
次世代基因體定序資料分析之序列組裝整合工具
CISA: Contig Integrator for Sequence Assembly of Bacterial Genomes

次世代基因體定序(Next Generation Sequencing, NGS)技術的快速發展,促使各研究領域積極利用次世代定序技術來進行基因解碼。因應分析NGS技術所產出的高通量之短序列,各種序列組裝工具(sequence assembler)也相繼發展,目的為加速完成全新(de novo)物種基因體序列。目前已有許多序列組裝工具能夠針對次世代基因體的序列加以組裝,然而各個基因體組裝的結果卻不盡相同,針對各個分歧的物種,沒有一個工具能夠擔保會提供最佳的組裝結果,因此本院群體健康科學研究所生物統計與生物資訊研究組廖玉潔助研究員的研究團隊開發了一個序列組裝整合工具「CISA: Contig Integrator for Sequence Assembly of Bacterial Genomes」,目的在整合各種不同組裝工具所產出的序列,找出相互吻合的序列片段,同時排除歧異度過高的序列,最後提供一組整合後的基因體序列;經過嚴謹地驗證程序檢驗,研究團隊所開發之工具確實能夠有效地整合並提升細菌基因體序列的完整性。〈更多內容〉
《文/圖:群體健康科學研究所生物統計與生物資訊研究組廖玉潔助研究員、林介華研究助理、林信宏研究助理》