第 8 期 2003-09-02

研究發展
核酸引子設計系統(Primer Design Assistant, PDA)

快速的疾病診斷為治療疾病的重要工具，也是大規模檢測與研究所亟需。生物統計與生物資訊研究組發展改善 核酸引子設計系統，大幅提高 聚合酶連鎖反應(PCR 反應) 的成功率，研究組同仁(林仲彥、卓啟翔與羅存仁)在熊昭組主任的指導下完成此項專案計畫。

有鑒於現今常用的 PCR 核酸引子設計程式，所套用的模型往往過於簡化，而無法找到最合適的引子配對，也無法因應 High throughput 大規模實驗（譬如 Microarray 相關研究）所需。為了進行生物資訊相關計畫，提高 PCR 反應的成功率，專案小組便著手進行核酸引子設計系統的建置工作。透過網際網路(web) 型態，容許一次單筆或多筆資料同時進行線上最佳化分析，提供核酸引子設計諮詢。其設計考量因子包括 GC content, Tm, secondary structure, ion strength, G/C clamp, repeat sequences及是否包括特定序列區塊等，並整合 thermodynamic theory 及實驗室經驗。

目前此系統已成功建置完成，所設計之引子經實驗室驗證，能大幅提高 PCR 之成功率。這項成果已投稿於 Nucleic Acids Research，於今年七月 Bioinformatics Web Application Issue 刊出。

核酸引子設計系統網址: http://dbb.nhri.org.tw