第 13 期 2003-10-08

會議報導
2003 研究資源活動: 生物資訊JEMBOSS基礎課程

為推廣EMBOSS服務,國家衛生研究院研究資源處特於92年8月21、22兩天舉辦 JEMBOSS 基礎課程。 JEMBOSS 課程是為了推廣國衛院所提供的 EMBOSS 服務所規劃的。共有152人報名,由於電腦教室座位有限,僅由42人參加。

EMBOSS 全名為歐洲分子生物公開軟體程式組 (European Molecular Biology Open Software Suite),是免費公開的序列分析用程式組,由分子生物研究社群所共同開發,其程式與世界蛋白質、核酸資料庫連結,並同步更新,除可用來搜尋序列、進行序列比對、尋找蛋白質 motif、domain、二級結構等分析外, EMBOSS 程式碼完全公開,且其核心程式基本設計為與各種開發平台相容,國衛院自92年3月1日起提供EMBOSS服務,目前安裝的是 JEMBOSS, Unix 指令模式 EMBOSS,以及 Luke's EMBOSS 圖形使用介面 ,其中又以 JEMBOSS 介面使用最為方便。

JEMBOSS 全名為 Java-EMBOSS,即 Java 介面的 EMBOSS 使用介面,為英國的人類基因圖譜計畫資源中心 (Human Genome Mapping Program Resource Centre, HGMP-RC) 所開發與維護,採用友善(user-friendly) 的 Java 視窗介面執行序列分析,並加入檔案管理功能,使用者下載 Java we start 執行程式後,即可在自己的 PC 操作 JEMBOSS 並儲存分析結果,使用方便。本課程以一天半的時間介紹了網路資源、常用10種 JEMBOSS 軟體之原理和使用方法介紹,並提供電腦實作,第二天下午介紹了 EMBOSS 指令的基本操作法,讓使用者能夠在課程結束後順利使用 JEMBOSS 進行序列分析的工作。

右上圖: GETORF 程式分析結果; 左圖: 本項課程上課盛況 ; 右圖: 本項課程講員

學術活動
92年度微生物研究諮詢實驗室工作說明大會

時間:2003-11-08 (星期六) 8:30--17:30
地點:中央研究院生醫所B1C演講廳
網址: http://www.nhri.org.tw/nhri4/mirl3agenda20031108.htm
報名截止日:2003-10-24 報名表格下載
主辦單位: 國家衛生研究院臨床研究組

活動介紹:
臨床研究組設立「微生物研究諮詢實驗室(Microbial Infections Reference Laboratory,簡稱MIRL)」探討國內抗生素抗藥性問題,推動微生物抗藥性監測及其相關研究。

微生物研究諮詢實驗室主要功能有四:
(一) 監測:有系統、連續性的紀錄、保存及追蹤臨床微生物菌株及其抗 藥性。
(二) 研究:對抗生素有抗藥性菌株之來源、分佈與機轉作深入的研究。
(三) 服務:協助各醫院控制具抗藥性的細菌分佈和防治某些特定細菌的群突發。
(四) 推動:推動抗生素之適當使用以協調控制微生物之抗藥性。

微生物研究諮詢實驗室工作重點為「台灣微生物抗藥性監測計劃(Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance [TSAR])」,是一全國性監測計劃,目前共有二十六所醫院參與,其對象為醫院內的住院病人及門診病人致病菌。TSAR計劃已進入第三期,至目前為止,約收集4500株菌株,卓然有成。

另外,雖然人類在結核病的戰爭曾戰勝過,但近來由於愛滋病的發生、用藥習慣、及糖尿病等原因,使結核病又捲土重來,對台灣及全球又構成一個重大問題。配合研究組的使命,臨床研究組於2002年9月增加結核病研究,初期以台灣北、中、南、東五個醫學中心的十年內病理標本檢體,以 PCR 及 RFLP 方法進行結核菌菌株的分析,以明瞭台灣地區結合病菌在不同地區之分布。此外,將配合疾病管制局的結核病防治計劃進行研究並比較分析,以提供結核病防治上之參考。未來將進一步分析抗藥性、毒性因子及免疫因素在結核病所佔的角色。

此次大會將針對微生物抗藥性監測及其相關研究,邀請醫學界賢達齊聚一堂,分享研究成果並討論未來努力的方向。