第 266 期 2008-08-28

研究發展
Unique Probe Selector(UPS)系統:為設計核酸探針及寡核苷酸陣列的全面性線上設計工具
The Unique probe selector: a comprehensive web service for probe design and oligonucleotide arrays

核酸雜交反應被廣泛應用於分子生物實驗上,包括大規模的DNA微陣列晶片實驗、檢驗核酸序列時的聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction , PCR),以及病源體偵測。核酸雜交反應中必須避免核酸序列非專一性黏合,Unique Probe Selector(UPS)系統可協助使用者設計高度專一性的核酸探針(probe),提高對目標序列的鑑別度與成功率。

方法與原理:

UPS是一個線上核酸探針設計工具,系統中涵蓋進行核酸雜交反應時所需考慮的熱力學原理、GC含量、核酸探針的二級結構、以及其他參數,並去除低複雜度區段以提高探針的專一性。UPS提供使用者客製化各項參數條件,更可使用特定物種之基因群做為參照資料,可設計單一序列探針,或同時設計大量探針用於微陣列晶片;電腦模擬運算後,提供計分系統便於使用者挑選具高度可信度的探針結果,經驗證,本系統所設計的探針與目標序列在雜交反應下具有高度專一性。使用者經由UPS簡單易懂的操作界面,只需輸入序列與設定參數,即可下載最佳的核酸探針序列,進行核酸雜交試驗。UPS是第一個可同時針對大量目標序列個別設計出專一性探針的工具,也可設計出在特定物種中也存在高度專一的探針,應用於病原菌偵測時,可減少與宿主基因序列形成非專一性雜交反應的結果。

此研究成果已發表於近期BMC Bioinformatics 期刊。
《文/圖:生統生資組林仲彥博士/熊昭組主任》

人事動態
生物統計與生物資訊研究組廖本揚助研究員到職
Dr. Ben- Yang Liao joined the Division of Biostatistics and Bioinformatics as Assistant Investigator

廖本揚博士自2008年8月1日起擔任生物統計與生物資訊研究組專任助研究員。

廖博士畢業於台灣師範大學生物學系,退伍後於2002年取得台灣大學動物學碩士學位,隨後於中央研究院生物醫學研究所擔任研究助理。2004年赴美國密西根大學(University of Michigan, Ann Arbor)深造,師事Dr. Jianzhi George Zhang,專研哺乳動物轉錄體的演化模型,於2007年獲密西根大學遴選為Rackham Predoctoral Fellow,並於2008年取得生態與演化學博士學位。

廖博士研究領域為演化遺傳學、基因體學、轉錄體學(transcriptomics),以及系統生物學。從基因型到表現型的跨物種分析,研究目標在以生物資訊的研究方法瞭解一般生命操作的機制,並提供在基因體解碼、動物實驗、疾病治療以及流行病學上可加以應用的知識。〈更多內容〉
《文/圖:生統組廖本揚博士提供;編輯中心整理》

院務紀事
國衛院資訊安全實施現況與未來遠景
Information security at NHRI, present and future

資訊安全實施現況
隨著電腦運用的普及和網際網路的蓬勃發展,資訊所帶來的便利性及多元化也大大改變了人類的生活模式;然而水能載舟亦能覆舟,當我們享受著因為資訊科技與網路所帶來的便利性及企業快速成長的同時,伴隨而來的資訊安全危機卻也可能為個人或企業組織帶來重大的損失。尤其近年來,全球重大資訊安全事件時有所聞,造成政府、民間企業,甚而個人難以估計的損失;因此大至政府單位、企業團體,小至個人對於資訊安全均展現出高度的重視。〈更多內容〉
《文/圖:資訊中心劉金和主任、吳玓玲》

學術活動
疫苗臨床試驗研討會
Vaccine Clinical Trial Conference

日期:2008年10月23日(星期四)上午8:30至下午5:00
地點:國家衛生研究院第二會議室(苗栗縣竹南鎮科研路35號)

說明:本研討會將以「國衛院疫苗中心現況與展望、疫苗臨床試驗案要求與審查重點、試驗主持人執行臨床試驗之經驗談、從sponsor的角度看試驗主持人執行臨床試驗職責及注意事項、試驗單位的管理、第一期疫苗臨床試驗經驗分享、第一期流感疫苗CMC準備、卓越臨床試驗的執行與查核」為重點,分享與會同業。

本研討會不收取任何費用,歡迎所有研究單位、醫學院校、產業界、政府單位、及其他從事相關研究之人士蒞臨指導。

報名方式:網路報名限額150名
(財團法人醫藥品查驗中心疫苗臨床試驗研討會網站)

主辦單位:國家衛生研究院
聯絡人:賴小姐 annielai@nhri.org.tw
電話:(037)246-166 分機 37849
《文:疫苗中心;圖:研討會海報》