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國家衛生研究院電子報 第 458 期 2012-06-14


研究發展
GEMSiRV:全基因規模之代謝網絡建構、模擬與視覺化平台
NHRI develops GEMSiRV


全基因規模之代謝網絡模型可以用來幫助瞭解生物體的代謝能力與生物特性,因此被廣泛地應用在系統生物學的範疇中。建構全基因規模之代謝網絡通常需要一連串的推論與驗證之交互程序來進行,因此必須同時運用大量的生化、基因體知識並結合數學模型來模擬運算,然而,由於缺乏合適的媒介軟體與資料庫,代謝網絡建構的效率與其應用範疇受到侷限,本院群體健康科學研究所(生物統計與生物資訊研究組)熊昭所長、陳豐奇副研究員、廖玉潔助研究員研究團隊因此相信,藉由一個整合系統的開發,結合網絡重建、模擬與圖形化介面的功能,可以有效地促進全基因體規模之代謝網絡之建立,並幫助呈現系統生物學之概括,以期能推展並應用於解決實際的生物問題。

研究團隊針對全基因體的代謝網絡模型開發了一個軟體平台(GEMSiRV: A software platform for GEnome-scale Metabolic model Simulation, Reconstruction and Visualization),此軟體包含了3個主要的功能架構,分別是網絡重建、模型模擬與圖形化呈現。除了軟體的開發,研究團隊還提供了一個網路資源(http://sb.nhri.org.tw/GEMSiRV),整合了代謝網絡建構所需的資料,包括生化反應參考資料庫(reference databases)、過去已經發表的網絡模型(metabolic models)以及使用者自訂的代謝網絡圖(metabolic maps),藉由這些資訊的提供,使用者等同是具有網絡重建的經驗,定能加速使用者重建新物種的全基因代謝網絡並有效地加以應用。

此研究工作於2010年開始進行,成果發表於2012年的Bioinformatics期刊。
《文/圖:群體健康科學研究所生物統計與生物資訊研究組熊昭所長、陳豐奇副研究員、廖玉潔助研究員》



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