第 736 期

人事動態
群體健康科學研究所廖玉潔助研究員升等為副研究員
Dr. Yu-Chieh Liao of the Institute of Population Health Sciences has been promoted to Associate Investigator

本院群體健康科學研究所廖玉潔博士自2018年1月升等為副研究員。

廖博士於2005年取得國立成功大學化學工程學系之博士學位，隨後即加入本院群體健康科學研究所熊昭所長的研究團隊，擔任博士後研究員，其間並參與本院支持的系統生物學研究計畫，赴美國加州大學聖地牙哥（UCSD）分校受訓，於2011年獲聘為專任助研究員。

廖博士的主要研究領域是生物資訊與系統生物學的開發與於感染症疾病上的應用。廖博士研究團隊針對細菌全基因體的代謝網絡模型開發了一個軟體平台GEMSiRV，此軟體包含了3個主要的功能架構，分別是網絡重建、模型模擬與圖形化呈現。除了軟體的開發，研究團隊還提供了一個網路資源（ http://sb.nhri.org.tw/GEMSiRV），整合了代謝網絡建構所需的資料，包括生化反應參考資料庫、過去已經發表的網絡模型以及使用者自訂的代謝網絡圖，藉由這些資訊的提供，使用者等同是具有網絡重建的經驗，定能加速使用者重建新物種的全基因代謝網絡並有效地加以應用。

因應分析次世代基因體定序（NGS）技術所產出的高通量之短序列，廖博士研究團隊開發了一個序列組裝整合工具CISA，可以有效地整合各種不同組裝工具所產出的序列，找出相互吻合的序列片段，同時排除歧異度過高的序列，最後提供一組整合後的基因體序列；經過嚴謹地驗證程序檢驗，研究團隊所開發之工具確實能夠有效地整合並提升細菌基因體序列的完整性。另外，廖博士的研究團隊也能夠分析第三代定序技術所產生的長序列，藉由直接組裝長序列而產生完整的微生物基因體。

近期，廖博士研究團隊開發一套易於使用且具有圖形化操作介面的drVM工具，可有效地組裝多源基因體（metagenomes）序列資料中的病毒基因體。此套自動化分析工具主要提供了病毒基因體資料庫建置的程式CreateDB.py，以及病毒序列分析的主程式drVM.py，可以讓使用者自行建構最新的病毒基因體資料庫，並快速地組裝出樣本中所含有的病毒基因體序列。最終產出容易解讀的資料型態，藉由提供病毒序列對應至組裝基因序列上的分布圖譜（coverage profile），幫助使用者瞭解樣本中該病毒的序列深度以及組裝序列的正確性與完整性，此工具預期可以應用於臨床樣本中新興病毒的鑑定。
《文：群體健康科學研究所》