陳新博士主要研究一群具備裂解由蛋白序列N端算起第二個胺基酸為脯胺酸(proline)的胜肽鍵的酵素,因此一鍵結一般是不被其他細胞內之蛋白酶所分解,所以這類蛋白酶在細胞內具有相當重要的生物功能。脯基雙胜肽酶(dipeptidyl dipeptidase IV, DPP-IV)是此家族中的重要成員之一,且也證實是治療第二型糖尿病的藥物標的,目前已有抑制DPP-IV活性的藥物上市,可有效治療第二型糖尿病。陳博士參與生技與藥物研究所之新藥開發團隊,提供分離及純化DPP-IV酵素,建立快速藥物篩檢所需之體外平台,研發團隊已找到一後選藥物DBPR108可有效抑制DPP-IV, 且具高度專一性。陳博士並撰寫「主持人手冊(Investigator’s Brochure)」向美國食品藥物管理局與台灣食品藥物管理局申請試驗中新藥(IND),該候選藥物已進入第一期人體臨床試驗。陳博士研究室同時探討DPP-IV及其他脯基雙胜肽酶的生化特性,其中涵蓋它們的四級結構、酵素活性的調控機制,受質專一性以及其特異的化學抑制劑的生化特性,研究結果發表於Journal of Biological Chemistry、Biochemistry及Biochemical Pharmacology等國際知名期刊。多年來陳新博士也參與所內及國科會的其他藥物研究計畫,目前參與針對GPCR為藥物標的的藥物研發工作。
陳博士於2009年獲本院與國科會支持,赴哈佛大學醫學院Tom A. Rapoport博士研究室進修1年,參與內質網相關蛋白質降解(endoplasmic reticulum associated protein degradation, ERAD)研究,探討sonic hedgehog(Shh)蛋白於細胞中經由ERAD降解的機制。研究證實Shh蛋白遭受截切後所產生的羧基端(C-terminus)片段會經由ERAD而被降解。這是首次發現位於內質網膜內持續由ERAD機制降解之內生性受質,且此受質之降解需要位於內質網膜上的泛素連接酶(ubiquitin ligase)HRD1、其交互作用分子SEL1,以及細胞質中之ATP水解酶p97等分子之參與,蛋白酶體才得以將受質降解。此研究結果發表於Journal of Cell Biology期刊。目前陳博士獲國科會支持,將在此領域繼續進行深入的探討。