何院士當年除接續感染症專科醫師的訓練外,並結合國內重要的醫學中心如台大醫院、長庚醫院、成大醫院等成立研究網絡,並於成大醫院建立病毒實驗室。1998年腸病毒肆虐時,何院士結合了不同學術研究及醫療機構建立的研究團隊,此實驗室發揮極大的功能,首度驗證出腸病毒71型,對找出腸病毒71型病原及疫情的掌控與遏止,功不可沒;何院士結合醫政單位、學術研究機構、各地醫療院所,針對腸病毒致病因子,以及疫情的發展與未來的偵測進行研究,並將我國防疫過程撰寫成「台灣腸病毒71型感染疫情」論文,刊載於世界最知名的醫學期刊《新英格蘭醫學雜誌(The New England Journal of Medicine),引起全球矚目。
何院士另一項重大的貢獻即為我國抗生素濫用引起的細菌抗藥性問題。何院士當年回國之際,已意識到台灣抗生素濫用問題的嚴重性,他結合國內各大醫療院所共計44家,進行「全國微生物偵測計畫」,設立「微生物研究諮詢實驗室」,分離與鑑定數千株微生物菌株。自1998年起推動「全國微生物抗藥性監測計畫(Taiwan Surveillance of Antimicrobial Resistance, TSAR)」,建立全國性醫院院內及門診病人感染抗藥性菌株監測系統,以確認問題所在對症下藥,並帶領感染症醫師規範手術預防性抗生素的使用。因何院士的研究證據,健保局制定相關政策,自2001年2月1日起,除非病患有細菌感染的證明,否則不再給付門診急性上呼吸道感染病患抗生素處方費用。這條法規大幅降低急性上呼吸道感染抗生素的使用,也減少抗藥性菌株的產生。何院士領導研究團隊卓越的學術研究成果,除了保障全民的健康,也為國家節省了大筆公帑,他對國內感染症醫學界及細菌抗藥性控制之貢獻頗鉅。